Las Alteraciones de Aragón en 1591
En el reino de Aragón, como en el resto de la Corona, siempre se dio el pactismo, es decir, el rey debía gobernar junto al reino o, lo que es lo mismo, con las Cortes, respetando los fueros, que eran defendidos por el Justicia, institución que monopolizaba la familia Lanuza.
Esta situación contrastaba con el auge del autoritarismo real en la Corona de Castilla. Allí, básicamente, el rey era absoluto. Así pues, desde tiempos de Fernando el Católico, los monarcas, y entre ellos Felipe II, siempre habían querido imponer ese autoritarismo también a Aragón.
Estas intenciones se plasman a lo largo del reinado de Felipe II; el rey reintegró varios señoríos a la corona, como el del caso del condado de Ribagorza, ante las revueltas antiseñoriales que se produjeron en ellos, a lo que se sumaba el auge del bandolerismo en el territorio aragonés. De igual modo, en Teruel y Albarracín pretendió abolir los fueros de los que gozaban, y así lo decretó, aunque en 1585 el justicia sentenció a favor de las mencionadas ciudades. A todo esto debemos sumar la llamada cuestión del virrey extranjero, pues frente a la norma de que este fuera natural de Aragón, Felipe II pretendía designar a quien le placiera.
En este contesto se encuentra el caso de Antonio Pérez, que es el que llevará a las llamadas Alteraciones de Aragón de 1591. Antonio Pérez había sido secretario del rey hasta 1579, pero fue acusado del asesinato de Escobedo, que era hombre de confianza del hermano del rey, Juan de Austria. En ese momento, al parecer, Felipe II supo también que Antonio Pérez había vendido secretos de Estado y le había manipulado hasta el punto de enfrentarlo con su hermano.
Pese a ser apresado e incluso torturado en Castilla, escapó Antonio Pérez de aquel reino y se refugió en Zaragoza. Allí pidió al Justicia el Privilegio de Manifestación, es decir, estar bajo la protección de este hasta que se celebrara un juicio justo. Sospechó Felipe II que los tribunales aragoneses no condenarían a Antonio, así que el monarca hizo uso del único tribunal que estaba por encima de los fueros y las propias instituciones aragonesa: la Inquisición.
El rifirrafe entre Inquisición y Justicia fue la tónica de aquellos días. El 24 de mayo de 1591 Antonio Pérez tuvo que ser trasladado a la cárcel de la Inquisición, acusándole de un delito contra la religión como era obvio: negar a Dios. El traslado provocó un levantamiento en la ciudad de Zaragoza, auspiciado por diversas personalidades que se habían visto afectadas por la política de Felipe II en el reino, que llevó a la muerte al marqués de Almenara (este representaba al monarca en las negociaciones sobre la cuestión del virrey extranjero) y a que la Inquisición devolviera al reo al Justicia. Tan solo Zaragoza parece que apoyaba al Justicia en su defensa de Antonio Pérez, así que la Diputación del Reino consideró que se debía devolver al reo a la Inquisición, lo que provocó nuevas protestas. Ello ocasionó que la Diputación considerara entonces que las acusaciones contra el antiguo secretario del rey estaban infundadas. El rey, ante esto, dio orden de que Antonio fuera trasladado a la cárcel de la Inquisición, lo que produjo otro levantamiento el 24 de septiembre.
Ante aquella situación, el rey preparó un ejército que se reunió en Ágreda (Soria) con la pretensión de penetrar en el reino aragonés, pese a que los fueros no lo consentían. El justicia, Juan V de Lanuza, que había sucedido a su padre hacía unos días, pretendió evitarlo. En los primeros días de noviembre se llamó a las diversas ciudades del reino para formar un ejército, aunque no hubo éxito. El ejército del rey entró el 14 de noviembre en Zaragoza sin resistencia. No hubo ninguna matanza, pero sí que se llevaron a cabo castigos ejemplares. Así, el justicia fue condenado a muerte sin proceso. Otros cabecillas, como el duque de Villahermosa y el conde de Aranda fueron llevados a presión. El Tribunal del Santo Oficio condenó a ochenta personas, entre ellos a Antonio Pérez, pero para aquel entonces ya había escapado a Francia, así que fue quemado en estatua.
En las Cortes de Tarazona de 1592 el rey logró imponer algunos cambios en la tradicionales instituciones aragonesas: nombramiento del virrey de forma libre por el monarca, limite a la presentación de agravios, la revocación del Justicia por el rey, la abolición de la libertad de imprenta, y la imposibilidad de que los diputados convocaran a los municipios sin permiso real. También se aumentó el servicio, es decir, la cantidad de dinero que Aragón debía pagar al monarca.